Semua Coretan Kuliah: Laporan Mikrobiologi Isolasi dan Identifikasi Dasar Mikroba

Laporan Mikrobiologi Isolasi dan Identifikasi Dasar Mikroba

BAB I PENDAHULUAN

1.1 Latar belakang

Ketika kita ingin mempelajari sifat, morfologi, dari suatu bakteri, kita harus memiliki isolat murni yang tidak tercampur dengan bakteri lain. Untuk mendapatkan bakteri yang murni, maka dilakukan isolasi.

Isolasi adalah kegiatan untuk memisahkan bakteri yang diinginkan dengan bakteri pengkontaminan. Tahapan awal untuk isolasi adalah inokulasi. Inokulasi adalah tahapan penanaman bakteri yang akan dikembangkan kedalam media. Penanaman ini dapat menggunakan jarum ose maupun mikropipet. Alat yang digunakan harus steril, sehingga benar-benar isolat murni yang didapat.

Oleh karena itu praktikum ini dilakukan agar praktikan dapat mengetahui dan mengerti cara mengisolasi pertumbuhan mikroba dengan cara yang benar dan aseptis dan dapat mempelajari pertumbuhan mikroba.

1.2 Tujuan

Mengetahui macam-macam karakteristik mikroba
Mengetahui tahap awal dalam mengisolasi mikroba
Mengetahui perbandingan pertumbuhan mikroba pada media NA dan PDA

BAB II TINJAUN PUSTAKA

Mikroorganisme dalam alam hampir selalu dalam keadaan tercampur. Campuran ini dapat sangat kompleks artinya banyak jenisnya atau walaupun jenisnya sedikit sifatnya berbeda. Mungkin pula terdapat perbedaan sifat khusus yang agak jauh walaupun dari sifat umumnya sama (Mulyono, 1992).

Isolasi suatu galur murni pada prinsipnya dapat dilakukan secara bertingkat. Tingkat pertama bebas dilakukan secara manual yaitu dengan cra sejauh mungkin mengencerkannya, seringkali sampai 10^-4 atau 10^-6. Tingkat kedua adalah dengan media yang bersifat selektif bagi mikroba tertentu atau beberapa mikroba tertentu yang mungkin masih satu golongan. Tingkat ketiga dari koloni yang seolah -olah yang sudah mungkin masih perlu untuk diencerkan kembali atau diisolasi ulang agar dapat lebih menyakinkan. Selanjutnya diperlukan berbagai metode karakteristik sebagai pembuktian bahwa galur isolat yag diperoleh benar-benar galur murni (Mulyono, 1992).

Cara isolasi modern adalah dengan menggunakan alat yang canggih yaitu dengan alat mikromanipulator. Alat ini terdiri dari alat manipulator yang dapat dilihat melalui suatu mikroskop (Mulyono, 1992).

Karakterisitik Utama Mikroorganisme

Untuk identifikasi dan klasifikasi suatu mikroorganisme perlu diketahui karekteristiknya sebanyak mungkin, karakteristiknya adalah:

1. Karakteristik kultural

Berbagai mikroorganisme memerlukan media yang bersifat khusus, utamanya berteknologi memerlukan bakteri tertentu untuk dapat tumbuh dan berkembangbiak. Jenis kapang dapat tahan keasaman sampai kira-kira pH₃, sedangkan bakteri pada umumnya tidak tahan asam.

2. Karakteristik Mikroskopik

Untuk melihat wujud suatu mikroba. Terutama bakteri, diperlukan suatu mikroskop dengan pembesaran sekitar 1000 kali.

3. Karakteristik Metabolik

Dari bentuknya saja seringkali mencukupi untuk menentukan karakter organisme tertentu.

4. Karakteristik Kimiawi

Dalam hal ini diperlukan analisis kimia untuk dapat mengetahui zat atau unsur kimia maupun susunan kimia yang terdapat dalam bakteri tersebut, bahkan bagian-bagian suatu bakteri perlu dianalisis pula.

5. Karakteristik Antigenik

Disini diperlukan hewan besar tertentu untuk disuntik dengan mikroba yang tidak diketahui, diambil serumnya untuk dilakukan reaksi antigen antibiotik yang bersifat sangat spesifik.

6. Karakteristik Genetik

Kini telah dilakukan karakteristik mikroorganisme atas dasar susunan DNA yang ternyata bersifat konstan pada suatu mikroorganisme tertentu. Dinyatakan dalam % (G+C) Guanine dan Cytosine (Mulyono, 1992).

Untuk menumbuhkan suatu biakan bakteri dalam media steril sejumlah sel-sel (inokulum) dipindahkan (diinokulasi) ke dalam media dengan perlakuan khusus untuk mempertahankan kemurnian dari biakan (Mulyono, 1992).

Dalam waktu inokulasi harus dipijarkan di atas api segera sebelum dan sesudah melakukan pemindahan. Pemanasan ini menghancurkan setiap bentuk kehidupan yang ada pada permukaan jarum atau alat pemindah (Mulyono, 1992).

Bagian jarum yang dipanaskan tidak terbatas pada bagian ujungnya saja tetapi termasuk pula bagian bawahnya (Mulyono, 1992).

Seperti semua bentuk kehidupan lain, mikroba membutuhkan zat-zat hara dan lingkungan yang sesuai untuk pertumbuhan. Pertama-tama media harus mangandung senyawa-senyawa hara yang penting untuk pertumbuhan mikroba. Disamping itu media harus juga memberikan lingkungan yang cocok bagi pertumbuhan seperti pH, tekanan osmosis, oksigen dan lain-lain. Pada umumnya semua media untuk pertumbuhan mikroba terdapat dalam dua bentuk yaitu media cair (Broth Media) dan media Padat (Solid Media) (Mulyani, 1991).

Suatu cara yang mudah dan umum dilakukan untuk membuat media padat adalah dengan cara menambahkan suatu zat pemadat pada medium cair, yang kemudian akan memadat bila telah dingin (Mulyani.1991).

A. Penumbuhan Mikroba Aerob

Berdasarkan bentuk media dan cara menumbuhkan mikroba aerob dapat dibedakan menjadi 3 macam biakan yaitu, biakan cair (broth culture), biakan agar miring (agar slant culture), dan biakan agar tegak (agar deep culture).

B. Penumbuhan Mikroba Anaerob

Oksigen dari udara merupakan racun, bagi mikroba anaerob sehingga oksigen tersebut harus dikeluarkan dari dalam media. Ada beberapa cara untuk menumbuhkan mikroba anaerob, ialah :

1. Menggunakan Media yang diperkaya

Cara ini adalah yang paling sederhana dan paling banyak digunakan. Media diperkaya yang dapat digunakan adalah Thioglcollate cair, thioglcollate agar, glukosa, otak dan lain-lain .

2. Membuat Bebas Oksigen Dengan Cara Pembakaran

Dalam hal ini dibutuhkan suatu penyungkup yang dapat ditutup rapat misalnya eksikator.

3. Absorpsi Oksigen Secara Bebas

Untuk tujuan ini diperlukan eksikator, asam piragalol dan alkali (KOH). Untuk setiap liter eksikator ditambahkan 12,5ml larutan KOH 20% dan 10ml larutan asam piragalol 40%.

4. Mendesak Oksigen Dengan Gas-gas Inert

Oksigen yang terdapat dalam ruangan untuk menyimpan biakan murni anaerob dapat dikeluarkan secara mekanik dengan gas hidrogen atau gas nitrogen. Untuk maksud ini digunakan alat “Novy” untuk membuktikan keadaan yang anaerob dalam bejana penyimpan., digunakan suatu indikator campuran larutan NaOH 1/160 N, larutam methylene blue 0,015% dan larutan glukosa 6% dengan perbandingan volume yang sama.

Prinsip dari isolasi mikroba adalah memisahkan suatu jenis mikroba dengan mikroba lain yang berasal dari campuran bermacam -macam mikroba. Hal ini dapat dilakukan dengan menumbuhkannya dalam media padat karena dalam padat sel-sel mikroba akan membentuk suatu koloni sel yang tetap pada tempatnya (Mulyani, 1991).

Sifat-sifat umum suatu koloni

a. Besar kecilnya koloni. Ada koloni yang hanya berupa suatu titik, ada pula yang melebar sampai menutup permukaan medium.

b. Bentuk. Ada koloni yang bulat, ada yang memanjang, ada tepi yang rata, ada tepinya yang tidak rata.

c. Kenaikan permukaan. Ada koloni yang rata saja dengan permukaan medium, ada pula yang timbul, yaitu menjulung tebal diatas permukaan medium.

d. Halus-kasarnya permukaan. Ada koloni yang permukaanya halus saja, ada yang permukaanya kasar tidak rata.

e. Wajah permukaan. Ada koloni yang permukaanya mengkilat, ada yang permukaanya suram.

f. Warna. Kebanyakan koloni bakteri itu berwarna keputihan atau kekuning-kuningan, akan tetapi ada juga kolini yang kemerah-merahan, coklat, jingga, biru, hijau dan ungu.

g. Kepekatan. Ada koloni yang lunak seperti lendir, ada yang lunak seperti mentega ada yang keras dan kering (Dwidjoseputro, 2005).

Agar koloni yang tumbuh dalam cawan tidak terlalu banyak ataupun terlalu sedikit maka sample diencerkan sehingga bebebrapa kali pengenceran dan ditaburkan pada beberapa cawan. Diharapkan hanya satu atau dua cawan yang jumlahnya koloninya dapat digunakan (Sutedjo, 1991)

Selama pemindahan, tabung reaksi dipegang dengan tangan kiri, sedangkan penutup tabung dipegang jari kelingking tangan kanan, dan jauhkan dari hembusan nafas. Tabung dipegang sedatar mungkin selama pemindahan dan jangan dibiarkan terbuka lebih lama dari waktu yang dibutuhkan. Mulut tabung tempat biakan mikroba dipindahkan atau diambil harus dilewatkan di atas api segera sebelum dan sesudah jarum dimasukan dan dipindahkan. Jangan sekali-sekali meletakan tutup tabung tersebut (Sutedjo,1991).

Setelah diinokulasi, biakan bakteri disimpan atau diinkubasi dalam suatu lingkungan yang sesuai untuk pertumbuhannya. Pertumbuhan disini berarti pengembangan populasi sel-sel dari satu atau beberapa sel. Kumpulan dari anak-anak sel akan tampak dengan mata telanjang bak sebagai suatu kekeruhan dalam media cair, atau sebagai suatu populasi yang terpisah yang disebut koloni pada media padat. Bentuk pertumbuhan merupakan salah satu cara untuk membedakan spesies-spesies mikroba (Sutedjo, 1991).

Pada pratikum kali ini, metode inokulasi yang digunakan adalah inokulasi mikroba dengan cara penaburan. Cara penaburan (pour plate) merupakan cara untuk memperoleh biakan murni dari biakan campuran mikroba. Media agar diinokulasi dalam keadaan tetap cair yaitu pada suhu 45°C dan demikian pula koloni-koloni akan berkenbang diseluruh media, tidak hanya permukaan (Sutedjo, 1991).

Pada semua cabang ilmu biologi diperlukan suatu pekerjaan yang sangat penting yaitu karakteristik dan klasifikasi. Bila suatu organisme telah dapat dikenal melalui suatu karakteristik secara cukup atau menyeluruh, maka organisme tersebut akan dapat digunakan sebagai suatu batasan atau pembandingan bahkan sebagai acuan untuk mengetahui organisme lain yang sama maupun berbeda. Organisme yang ternyata mempunyai sifat sama perlu digolongkan dalam suatu kelompok dengan penamaan khusus yang agak berlainan digolongkan dalam kelompok lain dengan nama lain pula. Perlakuan tersebut dinamakan krarifikasi (Judoamidjojo, 1991).

BAB III METODE KERJA

3.1 Waktu dan Tanggal

Pada pratikum ketiga ini, kita melakukan tiga percobaan tentang “ Isolasi dan Morfologi Mikroba”yang dilaksanakan pada Hari Rabu, tanggal 23 Maret 2011 pada pukul 10.00-12.00 WITA dan dilanjutkan lagi pada Hari Jumat 25 Maret 2011 pada pukul 15.00-17.00 WITA di laboratorium Mikroorganisme dan Bioteknologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Mulawarman Samarinda.

3.2 Alat dan Bahan

3.3.2 Alat-Alat

- Cawan petri

- Tabung reaksi

- Jarum ose

- Lampu bunsen

- Micropipet

- Blue tip

- Rak tabung reaksi

- Laminar air flow cabinet

- Vortex

- Alumunium foil

- Kertas lebel

3.3.3 Bahan-Bahan

- Air sungai

- Air danau

- Air teh

- Tanah humus

- Tanah oli

- Alkohol 70%

- Media LA

- Media PDA

- Tissue

- NaCl

3.3 Cara Kerja

3.3.2 Cara Kerja Pada Sample

1. Disiapkan sample air

2. Dikocok sample air sebanyak 25x

3. Setelah dikocok diambil 1 ml sample air sungai dengan menggunakan micropipet

4. Dimasukan dalam tabung reaksi yang sebelumnya telah berisi larutan Grafis

5. Divortex

6. Diberi sample 10^-1

7. Diambil 1 ml dari sample 10^-1

8. Dimasukan dalam tabung reaksi

9. Divortex

10. Diberi sample 10^-2

11. Diambil 1 ml dari sample 10^-2

12. Dimasukan dalam tabung reaksi

13. Divortex

14. Diberi sample 10^-3

3.3.2 Cara Kerja Pada Media PDA

1. Diambil sample 10^-2 sebanyak 1 ml

2. Dimasukan dalam petri

3. Dituangkan PDA kedalam petri secukupnya

4. Dihomogenkan dengan angka 8

5. Diambil 1 ml dari sample 10^-3

6. Dimasukan kedalam petri

7. Dituangkan PDA kedalam petri secukupnya

8. Dihomogenkan dengan angka 8

3.3.3 Cara Kerja Pada Media NA

1. Diambil 1 ml dari sample 10^-2, dimasukan kepetri

2. Dituangkan NA, dihomogenkan angka 8

3. Diambil1 ml dari sample 10^-3, dimasukan ke dalam petri

4. Dituangkan NA secukupnya

5. Dihomogenkan angka 8

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Pengamatan

4.1.1 Tabel Pengamatan Isolasi Media

No.	Media	Keterangan
1	NA 10^-2	- Jumlah spesies ada 2 Sp 1 = Irregular Sp 2 = Circular - Warna Koloni Sp 1 = Cream Sp 2 = cream - Permukaan Sp 1 = Convex Sp 2 = Convex - Tepi Sp 1 = Lobate (Lobes) Sp 2 = Entire (Evan)
2	NA 10^-2	- Jumlah spesies ada 2 Sp 1 = Irregular Sp 2 = Circular - Warna Koloni Sp 1 = Cream Sp 2 = cream - Permukaan Sp 1 = Convex Sp 2 = Convex - Tepi Sp 1 = Undulate (Wavy) Sp 2 = Entire (Even)
3	PDA 10^-2	- Jumlah spesies ada 2 Sp 1 = Circular Sp 2 = Circular - Warna Koloni Sp 1 = Cream Sp 2 = cream - Permukaan Sp 1 = Convex Sp 2 = Convex - Tepi Sp 1 = Undulate (Wavy) Sp 2 = Entire (Even) -
4	PDA 10^-3	- Jumlah spesies ada 3 Sp 1 = Irregular Sp 2 = Circular Sp 3 = Circular - Warna Sp 1 = kuning Sp 2 = Putih Sp 3 = Bening - Permukaan Sp 1 = Convex Sp 2 = Convex Sp 3 = Flat - Tepi Sp 1 = Entire (Even) Sp 2 = Entire (Even) Sp 3 = Undulate (Wavy)

4.2 Pembahasan

Isolasi mikroba adalah merupakan cara untuk memisahkan atau memindahkan mikroba tertentu dari lingkungan, sehingga kultur murni atau biakan murni.

Prinsip dari isolasi digojok 25x pada semple, karena larutan pada media tersebut belum mengalami pengolahan oleh kerena itu digojok dan kemingkinan saja sample tersebut masih ada bakteri maupun jamur.

Metode yang digunakan dalam pembiakan mikroba bermacam -macam diantaranya, metode cawan gores dan metode cawan tuang. Metode cawan gores adalah suatu metode yang mempunyai dua keuntungan, yaitu menghemat bahan dan wakru. Namun untuk memperoleh hasil yang baik diperlukan keterampilan yang memadai yang biasanya di peroleh dari pengalaman. Metode cawan tuang adalah cara lain untuk memperoleh koloni murni dari populasi campuran mikroba ialah dengan cara mengencerkan spesimen dalam medium agar yang telah disterilkan dan dicairkan kemudian didinginkan 50°C yang kemudian dituang ke cawan petri.

Dalam pratikum ini didapatkan data bahwa pada sample Na 10^-2 terdapat 2 spesies, yang dimana spesies pertama berbentuk irregular dan kedua berbentuk circular, spesies pertama berwarna cream begitu juga pada spesies kedua. Permukaan spesies pertama dan kedua convex, sedangkan tepinya spesies pertama lobate (lobes) dan spesies kedua entire (even). Pada sample NA 10^-3terdapat data bahwa spesies satu irregular dan spesies kedua circular, warna spesies satu dan dua cream, permukaanya konvex, sedangkan tepi spesies satu undulate (wavy) dan spesies kedua untire. Pada PDA 10^-2 jumlah spesies ada dua yaitu circular dan pada spesies kedua circular. Warna koloni spesies pertama dan kedua adalah cream. Permukaanya konvex, sedangkan tepi spesies pertama entire dan kedua wavy. PDA 10^-3 jumlah spesies ada tiga, yaitu irregular, circular dan circular. Warna spesies pertama kuning, kedua purih dan ketiga berwarna bening. Permukaanya spesies pertama dan kedua adalah convex dan yang ketiga flat. Sedangkan tepinya spesies satu entire, kedua entire dan yang terakhir undulate.

Metode agar, teknik ini memerlukan agar yang belum padat untuk dituang bersama suspensi bakteri ke dalam cawan petri, kemudian dihomogenkan dan dibiarkan memadat. Agar menyebarkan bakteri tidak hanya pada permukaannya saja melainkan sel terendam agar, sehingga mikroba dapat tumbuh pada permukaan O₂ yang kaya akan oksigen dengan baik dan sesuai dengan yang diharapkan. Pada prosedur kerja yang sudah dilakukan, yaitu kita menyiapkan cawan petri yang telah steril, serta tabung reaksi pengenceran yang akan ditanam, dan media yang padat masih cair (45°C), kemudian teteskan 1ml secara aseptis, suspensi sel ke dalam cawan kosong, lalu dituangkan media yang masih cair kecawan petri kemudian putar cawan petri dengan angka 8 untuk menghomogenkan suspensi bakteri dan media kemudian diinkubasi.

Dalam percobaan ini mungkin saja ada faktor kesalahan seperti pada saat di depan laminar sebisa mungkin agar jangan berbicara agar tidak ada jamur maupun bakteri dan diharapkan juga pada para pratikan agar lebih teliti supaya didapatkan hasil yang maksimal dan pada saat tangan praktikan tidak disterilkan bisa mengakibatkan sample dan alat terkontaminan.

BAB V PENUTUP

5.1 Kesimpulan

Dari praktikum tentang isolasi dan identifikasi dasar mikroba dapat disimpulkan

- Macam-macam karakteristik dari pertumbuhan bakteri adalah:

Form :Punctiform, circular, filamentous, irregular, rhizoid, spindel

Elevation : Flat, Raise, convex, pulvinate, umbonate

Margin : entire, undulate, filamentous, lobate, erose, curled

- Tahap awal dalam isolasi adalah dengan cara mengisolasi (menuang) sampel untuk mendapatkan isolat campuran dengan cara menuangkan 1ml sampel yang telah diencerkan ke dalam cawan petri, lalu ditambahkan media, digoyang dan diinkubasi sealama 48 jam.

- Perbedaan setelah diinkubasi selama 48 jam, dan didapat dengan konsentrasi yang sama, media NA lebih banyak tumbuh bakteri. Hal ini dikarnakan media NA terbuat dari ekstrak daging yang cocok dengan bakteri, sedangkan media PDA cocok untuk fungi.